Вы можете копировать таблицы InnoDB, только если:
1. Ваша база данных остановлена.
2. Вы копируете все файлы InnoDB (ibdata * ib_logfile * /*.ibd
Вы можете использовать dump / restore для копирования одной таблицы.
Вы можете использовать ALTER TABLE sometable ENGINE = MyISAM, чтобы преобразовать его в MyISAM и затем скопировать MYI, MYD и FRM.
Percona XtraBackup может выполнять восстановление одной таблицы, если вы используете Percona Server.