Это действительно зависит от вашей структуры данных и количества записей.Если количество невелико, а требования к запросам / сортировке просты, вы можете просто полностью обойти базу данных и проанализировать JSON с ее сборкой (не очень хорошее решение с точки зрения потребления памяти) или парсером (например, GSON - небольшая внешняя зависимость для лучшей производительности)
Другим вариантом будет просто сохранить документы JSON в базе данных и некоторые поля из них в виде отдельных столбцов для запросов и индексации.
Если вы хотите иметь сложную иерархию объектов, вы обнаружите, что выперевоплощение некоторого решения ORM.