1) gnome-терминал должен работать разумно и без всей среды gnome, в любом случае достаточно старого простого "xterm".
2) вы можете выполнить короткий скрипт bash, который запускает вашу программу и наend читает строку:
bash -c 'моя программа ...;прочитайте '
(или также' xterm -e ... ')