В вашем случае, если у вас есть разные слои, можно поместить слои в разные проекты.Это дает дополнительную мотивацию для разделения слоев, общения через интерфейсы и предотвращения циркулярных зависимостей между слоями (проекты не могут зависеть друг от друга!)
Я часто представляю один специализированный проект, который содержит все библиотеки и ресурсыдля всего приложения.Может быть, другой, который используется только для сборки и развертывания приложения (сценарии сборки ant / maven, определение продукта в случае приложений RCP).И наконец, подумайте об определении всех тестовых случаев в отдельных проектах.Для тестирования иногда требуются специальные библиотеки и файлы ресурсов (конфигурации регистратора, дампы базы данных с тестовыми данными), и эти файлы не должны смешиваться с файлами конфигурации приложения и библиотеками.