Как всегда, решения «одного размера для всех» не существует
Если вам нужно хранить данные в отдельном файле и вы можете воспользоваться возможностями реляционной базы данных базы данных SQL, тогда SQLite - это прекрасно.
Если ваши данные не подходят для реляционной модели (например, иерархические данные), или вы хотите, чтобы ваши данные были удобочитаемыми (файлы конфигурации), или вам нужно взаимодействовать с другой системой, чем SQLite не будет очень полезным и XML может быть лучше.
Если, с другой стороны, вам нужен одновременный доступ к данным из нескольких программ или компьютеров, то SQLite не является оптимальным выбором, и вам нужен «настоящий» сервер баз данных (MS SQL, Oracle, MySQL, PosgreSQL. ..).