Если у вас есть класс, назначенный для всех ваших fancyboxes, вы можете сделать
$('.fancybox').fancybox({'transitionIn': 'none', 'transitionOut': 'none'});
или изменить значения по умолчанию fancybox, расширив значения по умолчанию fancybox следующим образом: