Вы не можете вручную редактировать файл designer.cs и ожидать, что ваши изменения сохранятся после того, как вы обновили что-либо с помощью дизайнера, однако вы можете контролировать значения всех автоматически сгенерированных параметров через дизайнер, и эти изменения сохраняются до тех пор, пока вы не удалите и повторно добавите таблицу / класс.
Если вы хотите добавить пользовательские атрибуты, не связанные с LinqToSql, вы можете воспользоваться тем фактом, что все классы LinqToSql являются частичными классами. Переместите свойства в другой файл, который продолжает частичный класс. Затем он останется один, когда вы обновите файл конструктора. Однако вам придется управлять любыми изменениями в базе данных, которые должны быть отражены в этих свойствах вручную, а не через конструктор.