Пользователь никогда не должен запускать autoreconf. Как указывает ldav1s (+1), установленные на вашем автоинструменте инструменты не соответствуют инструментам, используемым для создания архива. Существует множество пакетов, которые рекомендуют (или даже требуют), чтобы пользователь запустил autoconf в той или иной форме для сборки пакета; эти пакеты сломаны. Правильно собранный пакет должен собираться на машине, на которой не установлены какие-либо автоинструменты, и, если вы не являетесь сопровождающим пакета, вам, вероятно, следует просто удалить их. ИМО, они не должны быть включены в установки по умолчанию.
Если вы используете пакет, для сборки которого требуется автоинструмент, сообщите об этом как об ошибке сопровождающему пакета. Если в качестве механизма распространения используется система контроля версий (например, git, hg, svn), то вам нужно будет либо запустить автоинструмент для сборки пакета, либо пакет должен будет включать файлы, генерируемые автоинструментами, в хранилище. Вот почему системы контроля версий не должны использоваться в качестве инструмента распространения для пакетов, которые используют автоинструменты.