Подобный подход, который я использую, заключается в создании копии app.config для testrunner.
Поэтому я делаю копию app.config в виде FitServer.exe.config (и TestRunner.exe.config) в качестве шага после сборки в моем проекте фикстуры.
Как указано в предыдущем посте, файл конфигурации должен находиться в том же каталоге, что и бегун.
Это работало с версией 1.6 фитнес-бегунов .Net, а также с последней версией 20090214.