Вы никогда не потеряете данные только потому, что делаете одновременные вставки. Если вы используете транзакции, вы можете «потерять» некоторые идентификаторы, но не фактические данные. (Представьте, что вы запускаете транзакцию, вставляете несколько строк, а затем выполняете откат. InnoDB выделит идентификаторы auto_increment, но строк с этими идентификаторами нет, поскольку вы выполняли откат).
Поскольку вам не нужны индексы, вы должны взглянуть на механизм таблиц ARCHIVE. Это невероятно быстро - и ваши таблицы становятся намного меньше, что, в свою очередь, делает сканирование таблицы, когда вы читаете таблицу позже НАМНОГО быстрее.