Ах, уловка в том, чтобы использовать XSLTCompiledTransform, а не XsltTranform в коде C #:
XslCompiledTransform myXslTrans = new XslCompiledTransform();
XsltSettings settings = new XsltSettings();
settings.EnableScript = true;
myXslTrans.Load(article.XslPath, settings, null);
делает трюк