Да, вы не можете запускать внешние программы на GAE.Я не уверен, что вы имеете в виду, когда ссылаетесь на других провайдеров.Очевидно, вы можете переместить весь сайт в Amazon или любого другого поставщика IaaS, где у вас нет никаких ограничений использования, как с обычным компьютером.Я думаю, это будет проще всего.
Если вы действительно хотите придерживаться GAE, вы, очевидно, можете разместить компилятор где-нибудь еще и подключиться к нему из своего приложения GAE.Вероятно, самым простым было бы выставить для этого простой веб-сервис.Я не уверен, можно ли было бы соединиться с SSH (с некоторой библиотекой Java SSH), потому что, насколько я помню, вы не можете соединиться с сокетами, только HTTP-запросами.