Это проблема USB-моста. Этого никогда не случится с реальным последовательным портом, с хорошо написанным драйвером порта. Драйверы последовательного порта в Windows, Linux и других ОС известны как очень стабильные и надежные. В то же время, ошибочные эмуляции последовательного порта вызывают много проблем, от сбоя клиентского приложения до синего экрана.
Единственное, что вы можете сделать, это порекомендовать своим клиентам работать с реальным последовательным портом или стабильной эмуляцией порта (мостом) и избегать ошибочных эмуляций последовательного порта, таких как тот, с которым вы работаете.