Может быть так:
from ConfigParser import ConfigParser
import random
conf = ConfigParser()
conf.read('test.conf')
mail = random.choice(conf.sections())
print "mail: %s" % mail
print "subject: %s" % conf.get(mail, 'subject')
print "body: %s" % conf.get(mail, 'body')
Это просто вопрос выбора случайного имени раздела с помощью random.choice(conf.sections())
.Функция random.choice
выберет случайный элемент из последовательности - метод sections
вернет все имена разделов, то есть ["Message_One", "Message_Two"]
.Затем вы используете это имя раздела, чтобы получить другие нужные вам значения.