Я столкнулся с похожими проблемами с NAnt. Я знаю, что это не Best решение, но оно работает, если вам нужно продвинуть свой проект.
Я обнаружил, что установка среды разработки (C # Express у меня не работала, но VS 2008 сработала) на сервере устраняет эту проблему. (Да, я понимаю, что это идет вразрез с обычными лучшими практиками, но это работает и позволяет моим сценариям работать, чтобы я мог вернуться к кодированию.)
Просто подумал, что поделюсь, если кто-нибудь еще окажется в подобной ситуации ... (это сработало для меня и с CruiseControl.Net, и с Хадсоном).