Я предлагаю вам указать полный путь к пакету R, включая расширение. Это связано с тем, что при запуске из cmd предполагается, что файл находится в текущем рабочем каталоге, однако при запуске из java необходимо указать путь
Ваш код должен выглядеть примерно так:
pr = run.exec("cmd /c C:/test/R.exe");
Примечание: это не должен быть файл .exe, я просто привел его в качестве примера. для других файлов просто измените exe на расширение файла.
Надеюсь, это помогло.