То, что написал Джон Элинвуд, это именно тот случай. Вот почему @Filter
необходимо указывать во всех подклассах, по крайней мере, в Hibernate Annotations 3.4.0-GA.
Кроме того, хотя это может быть неочевидным, вам потребуется одинаковая аннотация для всех сопоставленных коллекций этого класса, если вы ожидаете, что эти коллекции также будут подвержены фильтрации.