Я написал оба сайта PhoneGap и Sencha для мобильных устройств, но никогда не использовал приложение, которое использует оба, поэтому примите этот совет во что бы то ни стало. Я не ожидаю, что это проблема. Я делал вызовы ajax из PhoneGap, используя https прежде, без проблем.
Единственная реальная проблема, с которой я когда-либо сталкивался, связана с тем, как мы настраиваем нашу среду контроля качества. Мы сами подписываем сертификаты https, а Android это не нравится. В производстве или с соответствующим сертификатом, он работает нормально, хотя.
Так что я думаю, что вы в порядке, я не верю, что код хранилища / прокси-сервера Sencha делает что-то необычное, он должен быть просто ajax.