Сделайте первоначальный запрос. Затем получите исходный URL-адрес для iframe и выполните другой запрос для извлечения содержимого iframe. Просто проверьте, нужно ли передавать переменные с запросом.
Beautifulsoup не выполняет код, полученный из запроса. В зависимости от сложности страницы вы можете эмулировать то, что происходит, когда страница загружается в браузере (например, анализировать немного JavaScript и использовать эту информацию).
Ex.
<html>
...
<script>
$(document).ready(function() {
$("iframeID").src = "http://addr.com/page.html"
});
</script>
...
<iframe id="iframeID"/>
...
</html>
Получение источника для iframe в этом случае будет неудобным, но возможным. Если JavaScript делает странные и удивительные вещи, это становится сложнее. Если javascript находится в отдельном файле, вам нужно пойти и получить его.
Если что-то станет слишком сложным, посмотрите на другое решение для очистки (в котором вы запускаете весь движок JavaScript), я сам не использовал ничего более сложного.