Вот еще одна причина, по которой кто-то может получить эту ошибку:
iPython 0.12 завершается с ошибкой, если ему присваивается аргумент -color.
Что исправило это для меня, так это заменить
(setq py-python-command-args '("-colors" "Linux"))
в моем .emacs на
(setq py-python-command-args '("--colors=linux"))
То есть убедитесь, что аргументы, переданные в iPython, действительны.Если нет, iPython завершает работу с ошибкой, и мы возвращаемся к обычному интерпретатору python.