Основная причина заключается в том, что phpDocumentor сам по себе, если код PHP4. Я предполагаю, что вы выполняете его на PHP5 и, таким образом, видите уведомления времени выполнения, основанные на вашем уровне сообщений об ошибках в php.ini.
Нет ничего страшного в использовании phpDocumentor, равно как и в исходном коде, о котором вы документируете.