Задолго до появления «Серверов приложений», веб-серверы выполняли серверные сценарии, основанные на вводе данных на стороне клиента. Вот что такое CGI. Излишне говорить, что когда люди начали разрабатывать серверы приложений, они наверняка включили в них какой-то способ доступа к возможностям CGI, к которым привыкли веб-разработчики.
Таким образом, ответ на ваш вопрос заключается в том, что вы почти наверняка можете запустить серверный сценарий на основе ввода на стороне клиента. Проблема с ответом на ваш вопрос заключается в том, что вы на самом деле никому не сказали, какова ваша серверная сторона. Знание того, на какой операционной системе работает ваш сервер приложений, также важно, чтобы дать вам полный ответ.
Поскольку ваш вопрос размещен под тегом Java, все предполагают, что на вашем сервере находится какой-то сервер приложений J2EE. Если это так, то все ответы до сих пор дают хорошие подсказки о том, что вам нужно сделать. (Если вы не работаете на сервере приложений, вам нужно изучить возможности CGI вашего веб-сервера (и изменить свой тег на CGI).)
Ответ Скотта говорит вам старый способ выполнения вашего скрипта или любого исполняемого файла. Ответ Kalecser говорит вам более новый «кошерный» способ сделать это. gnlogic и Vinegar предлагают вашему серверу приложений встроенный API для этого.
gnlogic также поднимает точку синхронизации. Я не могу комментировать неизвестный API сервера приложений, но Runtime.exec и ProcessBuilder создают асинхронный процесс. Работа с асинхронным процессом - это совершенно другой вопрос.