о, так долго с этого поста ... и до сих пор не могу найти ответ в интернете.
Итак, через несколько часов ... нет, нет, не это, придумали солютин
var jsTreeId = '#jstree'; // or whatever name the jstree has
var jsTreeSelectedItemId = 5; // just an example
var selectedNode = $('#node_'+jsTreeSelectedItemId);
var parentNode = $.jstree._reference(jsTreeId)._get_parent(selectedNode);
// теперь допустим, что вы добавляете новый узел со стороны сервера, вы получаете новый идентификатор созданного узла с помощью вызова ajax, а затем вы хотите обновить дерево, чтобы отобразить его, а также выбрать его
var newSelectId = 9; // or from ajax call
// call the refresh function, which is asnyc
$.jstree._reference(jsTreeId).refresh(parentNode);
// set the magic "to_select" variable with an array of node ids to be selected
// note: this must be set after refresh is called, otherwise won't work
$.jstree._reference(jsTreeId).data.ui.to_select = ['#node_'+newSelectId];