Вы не указали версию IE, которую используете, но я подозреваю, что IE8, верно? (или ниже ??)
IE8 ужасно плохо поддерживает прозрачность. Он использует нестандартные способы достижения этого и во многих случаях дает результаты низкого качества, особенно когда он используется в сочетании с изображениями, а не текстом.
JQuery проделывает невероятную работу по абстрагированию от браузеров различий между разработчиками, но на самом деле он не может исправить в IE функции, которые в корне нарушены, как этот.
Суть в том, что это может быть то, с чем вам просто нужно жить. Если вы хотите использовать fadeIn(), либо избегайте выцветания изображений, либо соглашайтесь с тем, что в IE это выглядит не так.
Можно смягчить проблемы до некоторой степени, точно настроив сами изображения - если у вас есть какие-либо пиксели, которые являются чистыми черным или белым, попробуйте отрегулировать их так, чтобы они были не совсем чистыми черным или белым; это может помочь Но даже с идеально настроенной графикой IE все равно может ошибаться, поэтому даже если в этом случае он работает, не считайте, что это идеальное лекарство.
Еще одна вещь, которую вы можете попробовать (но опять же не гарантировано, что она решит все проблемы IE), это если вы замираете в блоке, который содержит изображения и другие элементы, а затем выполняйте постепенное увеличение изображения отдельно от остальной части содержание.