В зависимости от времени и усилий, которые вы хотите приложить, я бы
a) использовал «XSD.exe / c SchemaA.xsd SchemaB.xsd BaseSchema.xsd», удалял сгенерированные классы BaseSchema извместо этого файл и ссылка на стороннюю библиотеку.
b) использовать Xsd2Code .Он не делает то, что вы хотите из коробки, но может быть легко изменен в соответствии с вашими потребностями.
Я не думаю, что xsd.exe предлагает другое подходящее решение.