Какой у вас двигатель БД? Для MySQL я использую утилиту mysqldump. Затем вы можете использовать команду source в установщике по сценарию для развертывания вашей базы данных из файла дампа.
В SQLSERVER я использую инструмент Импорт / Экспорт, который поставляется вместе с SQLSERVER, для создания сценария для базы данных с любыми данными, которые я хочу развернуть в базе данных. Затем я запускаю скрипт на БД в моем инсталляторе.
У вас есть несколько вариантов. Вопрос в том, что вы используете для установщика? NSIS, проекты установки Visual Studio? и т. д. То, как вы ответите, определит наилучший подход к развертыванию базы данных.
Вы также можете сделать, как рекомендует @oded, хотя я никогда не делал этого, за исключением базовых сайтов ASP.NET и базы данных sqlexpress, которые поставляются с проектом VS. Обычно я считаю, что использование файла - это хорошая идея, зависит только от вашей сложности.