Параметры, которые вы передаете в ваш пакетный файл, доступны через
%1 %2 %3 ...
Так что если вы называете свою партию как
C:>application.bat param1 param2 param3
тогда ваш java-вызов внутри командного файла должен выглядеть следующим образом:
@echo off
java -cp app.jar com.example.Main %1 %2 %3