Как заставить CodeIgniter правильно загружать классы контроллера, если я хочу назвать их [имя] _Controller, а не просто [имя]?
Вы должны написать свой собственный класс маршрутизатора, в документации - отличное объяснение этой задачи!
. Это может быть хорошей отправной точкой: https://github.com/EllisLab/CodeIgniter/blob/develop/system/core/Router.php#L394