Как сделать p-значение для печати только 4 цифры вместо научной записи в R? - PullRequest
Новая
       35

Как сделать p-значение для печати только 4 цифры вместо научной записи в R?

2 голосов
/ 19 октября 2011

Как сделать p-значение, чтобы печатать только 4 цифры вместо научной записи в R?Я пытался использовать параметры (цифры = 3, scipen = 12), но это не сработало ... Вот пример ... 

>options(digits=3, scipen=12) 
>Oi <- c(A=321, B=712, C=44) 
>Ei <- c(A=203, B=28, C=6) 
>chisq.test(Oi, p=Ei,rescale.p=T)"

Ответы [ 2 ]

2 голосов
/ 20 октября 2011

Я тоже не уверен, что вы хотите, но я предполагаю, что вы ищете что-то вроде <0,0001, аналогично тому, что выводит SAS.Для этого я бы использовал функцию <code>format.pval или, возможно, printCoefmat, в зависимости от того, сколько тестов у вас есть.eps - допуск;значения ниже, которые печатаются как < [eps]. 

Oi <- c(A=321, B=712, C=44) 
Ei <- c(A=203, B=28, C=6) 
tt <- chisq.test(Oi, p=Ei,rescale.p=T)

format.pval(tt$p.value, eps=0.0001)   
# [1] "<0.0001"

ttp <- data.frame(Chisq=tt$statistic, p.value=tt$p.value)
rownames(ttp) <- "Oi vs Ei"
printCoefmat(ttp, has.Pvalue=TRUE, eps.Pvalue=0.0001)    
#          Chisq p.value    
# Oi vs Ei  3090 <0.0001 ***
# ---
# Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
2 голосов
/ 19 октября 2011

Не совсем уверен, что вы хотите здесь.Спасибо за воспроизводимый пример: результат был 

cc <- chisq.test(Oi,p=Ei,rescale.p=TRUE)

print(cc)
    Chi-squared test for given probabilities

data:  Oi 
X-squared = 3090, df = 2, p-value < 0.00000000000000022

Проверка структуры объекта показывает, что значение p в этом случае снизилось до ровно нуля: 

List of 9
 $ statistic: Named num 3090
  ..- attr(*, "names")= chr "X-squared"
 $ parameter: Named num 2
  ..- attr(*, "names")= chr "df"
 $ p.value  : num 0
 $ method   : chr "Chi-squared test for given probabilities"
 $ data.name: chr "Oi"
 $ observed : Named num [1:3] 321 712 44
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ expected : Named num [1:3] 922.5 127.2 27.3
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ residuals: Named num [1:3] -19.8 51.8 3.2
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ stdres   : Named num [1:3] -52.29 55.2 3.25
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 - attr(*, "class")= chr "htest"

Я думаюесли вы хотите получить точное значение p из этого теста, вам нужно немного уйти с пути: 

(pval <- pchisq(3090,2,lower.tail=FALSE,log.p=TRUE))
[1] -1545

Так что это примерно 10 ^ pval/log(10) = 10 ^ (- 671) [минимум Rпредставимое значение обычно составляет около 1e-308, см. .Machine$double.xmin]

...