Если вы посмотрите на источник Digest :: MD5 :: Perl, который является чистой версией Digest :: MD5 для perl, вы увидите:
sub _encode_hex { unpack 'H*', $_[0] }
sub md5_hex { _encode_hex &md5 }
Итак, вы можете сделать:
if ($digest_hex eq unpack 'H*', $digest_bin) {
# same data
}