При do shell script
AppleScript будет ожидать ответа от процесса, который вы запускаете. Как вы это называете, нет другого выбора, кроме как ждать завершения процесса, когда приложение закрывается.
Чтобы решить эту проблему, вам нужно заменить ваши команды оболочки на те, которые не дают ответа и сразу завершаются. Итак, попробуйте это:
do shell script "/Applications/Vidalia.app/Contents/MacOS/Vidalia &> /dev/null & /Applications/Firefox_3.6/Firefox.app/Contents/MacOS/firefox-bin -P Anon &> /dev/null &"
Я не проверял это с приложениями, которые вы используете, так как я не установил ни одного; вместо этого я протестировал iTunes и Bento, с которыми он работал, как вы надеетесь.