Менеджер окон будет отслеживать фокус и прямой ввод в соответствии с его конфигурацией. Если ваш оконный менеджер решает отправить входные данные в другую программу, потому что он вызывает изменение фокуса, вам не повезло.
Хотя программе не хватает фокуса, если бы она могла получать события мыши и клавиатуры, это было бы серьезной дырой в безопасности. По сути, любая небольшая незаметная фоновая программа может шпионить за всей системой, возможно даже при краже паролей.
Ваша единственная надежда - найти опцию в вашем оконном менеджере, которая позволит вам свернуть программу без изменения фокуса. Конечно, все, что вы введете, будет работать только с свернутой программой (и не повлияет на остальную часть системы).
Еще один метод (не гарантированный) заключается в том, чтобы программа обнаруживала события минимизации и запрашивала фокус в обработчике событий минимизации. Обратите внимание, что при этом, вероятно, (если бы я писал менеджер окон) минимизировалось окно.