База данных Hibernate состоит из 4 файлов.
Файл .script содержит данные в виде SQL, .log, последние выполненные действия, .properties конфигурации и .lck - файл блокировки базы данных.
Это база данных, у hsql нет ничего похожего на один большой файл .data. Все остальные конструкции, типичные для базы данных, генерируются и хранятся только в памяти.