OpenGL - это API рендеринга; у него нет команд, которые имеют дело с базовой системой управления окнами. WGL, GLX и Apple AGL делают такие вещи. И даже эти API не имеют дело с движением мыши.
Если ваше приложение принудительно перемещает мышь к центру экрана, возможно, это связано с другим используемым вами кодом. Многие из распространенных инструментов для создания окон OpenGL (FreeGLUT, GLFW, Qt, wxWidgets и т. Д.) Имеют команды для захвата мыши и изменения ее положения. Вам нужно будет проверить свой код и документацию любого программного обеспечения, которое вы используете для взаимодействия с вашим окном, чтобы увидеть, в чем проблема.