Сначала вычислите разницу между вашими элементами и последним столбцом:
check = data[:,:2]-data[:,2].reshape((-1,1))
Затем вы можете суммировать элементы проверки, равные нулю, в каждой строке
sum(check==0, axis=1)
Возвращает массив длины «количество строк» с количеством вхождений значения последнего столбца в первых двух столбцах.
Однако то, что вы хотите, мне не совсем понятно.
Если вы просто хотите суммировать и усреднять данные, методы sum, mean и std на ndarrays позволяют делать это «по оси»:
data[:,:2].mean(axis=1)
data[:,:2].sum(axis=1)