Поскольку то, что вы устанавливаете (вы не говорите, что это такое), похоже, является стандартным установщиком, генерируемым distutils (как отмечает Cat Plus Plus в своем комментарии), вам не нужно устанавливать его, запустив установщик.Вы можете установить его с помощью программы easy_install, что позволит вам выбрать, какой Python использовать.См. Мой ответ на Могу ли я установить пакеты Python для windows в virtualenvs? вопрос.
РЕДАКТИРОВАТЬ
Теперь я вижу в вашем комментарии, что вы устанавливаете setuptools.Это немного усложняет ситуацию, поскольку этот пакет содержит инструмент easy_install, о котором я упоминал выше.У вас есть проблема с курицей / яйцом ... Однако, есть решение для этого.Вы можете использовать скрипт ez_setup для установки setuptools без использования exe installer.