Я бы предложил index.html в вашем корне, который содержит ссылку на флэш-версию и одну на HTML-версию.Таким образом, пользователи без JavaScript не застревают.В onload-Event вы вызываете свой скрипт, который обрабатывает обнаружение и перенаправление.
index.html вот так
<html>
<head>
<script type="text/javascript" src="yourscript.js"></script>
</head>
<body onload="yourfunction();">
<a href="htmlversion">go to HTML-Version</a>
<a href="flashversion">go to Flash-Version</a>
</body>
</html>
Javascript
Вы можете определить, установлена ли флэш-память с помощью этого сценария - http://code.google.com/p/swfobject/
Перенаправление лучше всего выполнить с window.location.replace(...);
, остальное должно быть простым;)