Когда вы вставляете данные в базу данных, в этих файлах XML нет уникальной информации, позволяющей вам узнать, вставили ли вы уже запись? Что-то вроде идентификатора или другого, уникального для каждого файла XML. Другая возможность - вычислить контрольную сумму SHA1 каждого загруженного файла и сохранить массив всех контрольных сумм где-нибудь на сервере (сеанс или что-то еще, если вам не разрешено хранить все файлы). Затем, когда пользователь загрузит файл, вычислите его контрольную сумму и проверьте, присутствует ли он в коллекции.