Когда браузер обнаруживает блок скрипта, он должен приостановить рендеринг страницы, пока он выполняет скрипт в этом блоке.
Я не уверен, почему это так распространено для IE8 по сравнению с FF. Может случиться так, что переключение контекста особенно дорого в IE8, или что FF может сделать некоторую работу за кулисами, чтобы объединить ваши блоки, если он определит, что может (я только догадываюсь здесь)
Блоки скриптов также блокируют параллельные загрузки. Если вы загружаете изображения с нескольких имен хостов, это может происходить параллельно, если вы не выполняете блок скрипта.
В общем, я бы сказал, что лучше всего объединять ваши блоки скриптов. Лично я бы порекомендовал вам перенести их в отдельный файл.
Кстати, что происходит с вашими показателями, когда вы перемещаете его в другой файл?
См. Рекомендации по ускорению работы вашего веб-сайта в Yahoo Developer.