Я подозреваю, что если вы используете директиву ArchitectureInstallIn64Bit
Setup в вашем скрипте innosetup, это позволит вам попасть в 64-битный реестр.На этом этапе вы сможете запросить оба бита реестра, например
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Microsoft SQL Server\90\Tools\ClientSetup
и
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Microsoft SQL Server\90\Tools\ClientSetup
Извините, я не проверял это, но это помогло нам в похожей ситуации некоторое времяназад.
Редактировать: На самом деле коллега отметил, что innosetup также имеет ключи псевдо, такие как HKLM64, которые также могут использоваться.