Как правило, предпочтение отдается одному индексу (с указанием значений для самых левых полей) с точки зрения быстрой фильтрации.
Кроме того, чем больше вы касаетесь индексированных полей в обновлении, тем больше времени будет потрачено на обслуживание индекса.
Будьте внимательны при чтении слишком большого количества времени, чтобы сделать что-то один раз для небольших наборов данных - вместо этого вы могли бы легко посмотреть на издержки соединения.
Я предлагаю заглянуть в план запроса через Query Analyzer / SQL Server Management Studio - это позволит вам увидеть, какой индекс на самом деле используется, так что вы не исследуете в темноте.