document.getElementsByTagName('svg')[0].id = 'svg_id';
Это должно сработать, если у вас есть только один SVG-тег на вашей странице, и если вы назвали его после создания тега с помощью Raphael.
Если вы не создали тег с помощью Raphael, вы можете просто использовать что-то вроде этого:
<svg id='svg_id'></svg>
Наряду с другими атрибутами, конечно.