У меня также есть та же проблема из коммита Eclipse git, показывающая эту проблему
один раз изменил файл и, наконец, удалил изменения из файла, даже если он показывает файл в Un staged changes section.
Решение:
Eclipse -> Окно -> Настройки -> Команда -> Git -> Конфигурация -> Пользовательские настройки (вкладка справа)
нажмите Добавить запись
Key : core.autocrlf
Value: true
нажмите Ok, затем нажмите Apply -> Ok
Обновите «вкладку Git Staging» или выберите опцию Team -> commit. теперь он покажет только точные изменения.