Выполните итерации по элементам checkListBox.Items, и для каждого элемента найдите элемент в строке, используя myStr.Contains (item.ToString ()), и пометьте элемент как выбранный или нет, на основе результата содержимого.
string myStr = "CC";
for (int it = 0; it < checkedListBox1.Items.Count; it++)
{
checkedListBox1.SetItemChecked(
it, myStr.Contains(checkedListBox1.Items[it].ToString()));
}