Вы можете проверить реферер на pages.php, чтобы увидеть, не является ли он из внешнего источника, а затем перенаправить на страницу индекса с чем-то в параметре (например,? External = true; articleid = 123), определяющим, что должен появиться Fancybox.с соответствующей статьей.
Например, на pages.php:
$(function(){
if (document.referrer.indexOf(<your url>) < 0){
window.location = "index.php?external=true;article=123";
}
});
А затем на index.php:
$(function(){
//Insert code here to parse query string. You can find code for this online.
var isExternal = getValueOfExternal();
var articleId = getValueOfArticleId();
if (isExternal){
//open fancybox
$.fancybox({
'href': 'pages.php?id=' + articleId
});
}
});