Класс ObjectId имеет метод toString (), и в конструкторе может быть указана строка. Тем не менее, эти строки имеют базовое значение 16 (шестнадцатеричное) и могут быть именно тем, что вы ищете.
Информацию об API можно найти здесь:
http://api.mongodb.org/java/current/
Для кодирования base 64 мой коллега предположил, что может быть предпочтительнее использовать метод toByteArray () и преобразовать его в строку base 64. Иначе говоря, конструктору ObjectId может быть передан байтовый массив.
Поиск в Google по запросу "java library base64 encoding" обнаруживает еще один вопрос переполнения стека, в котором содержится более подробная информация о преобразовании байтовых массивов в строки base 64 и обратно.
Декодирование данных Base64 в Java
Вышеуказанная ветка содержит ссылку на класс base64, являющийся частью кодека Apache Commons.
http://commons.apache.org/codec/apidocs/org/apache/commons/codec/binary/Base64.html
Надеюсь, это приведет вас туда, куда вам нужно идти, или, по крайней мере, даст вам некоторые дополнительные возможности для рассмотрения.