Основное отличие состоит в том, что в случае использования частей преобразования у вас есть полный контроль над преобразованиями частей меха, в простом случае вы не можете применять дополнительные матрицы преобразования.
Проще говоря, вы можете вращать свою сетку как один кусок, или вы можете вращать мех как куклу, например, в анимации куклы.
Но я до сих пор не вижу причины, по которой в вашем образце происходит искажение идентичных матриц, доступ к которым осуществляется через индекс кости. Это все еще выглядит бесполезным, пока вы не сделаете что-то с ними в коде, но создаете это каждый раз, когда в одном месте выглядело как ненадлежащее использование martices.