Сертификаты привязаны к имени хоста сервера (или, с подстановочными сертификатами, ко всем хостам в домене). Поэтому, если две службы находятся на одном хосте, обе могут использовать один и тот же сертификат.
Если они не находятся на одном и том же хосте, безопасность транспорта не будет обеспечиваться для службы без SSL, если только это не добавлено отдельно. WCF поддерживает шифрование сообщений (или их частей).