Прежде всего, вы всегда должны позволить пользователю решить, какой должна быть папка приложения.
Во-вторых: в зависимости от инструмента, который вы используете для создания MSI, должна быть возможность прочитать выбранную папку установки и скопироватьфайл к нему.Например, когда вы используете проект установки Visual Studio, вы можете использовать [TARGETDIR] в качестве свойства в представлении файловой системы.При этом вы можете выводить файлы из вашего решения в эту папку.