Я могу использовать
Resources res=this.getResources();<br> arr1=res.getStringArray(R.array.one);
, чтобы получить массив и изменить некоторые его значения,
Тогда как я могу сохранить новые значения обратно в файлres/values/array.xml?
res/values/array.xml
Вы не можете "сохранить новые значения". Ресурсы доступны только для чтения во время выполнения.